Die überparteiliche Theodor-Heuss-Preis-Stiftung e. V. wurde 1964 nach dem Tode von Theodor Heuss am 12. Dezember 1963 in München gegründet, um in Erinnerung an seine Persönlichkeit und sein politisches Lebenswerk Beispiele für demokratisches Engagement, Zivilcourage und Einsatz für die Stärkung und Weiterentwicklung der Demokratie auszuzeichnen. Aus dem Vermächtnis entstand die Idee, einen Theodor-Heuss-Preis ins Leben zu rufen. "Ich sehe für den Preis eine Berechtigung darin, dass er hinweist auf etwas, was getan werden muss, ohne dass er etwas Vollendetes auszeichnet" (Carl Friedrich v. Weizsäcker, 1965). 
Initiiert wurde dies durch die langjährige Vorsitzende und Gründungsvorsitzende der Stiftung, Hildegard Hamm-Brücher. Neben ihr gehörten der Gründergeneration Ernst Ludwig und seine Frau Ursula Heuss, Golo Mann, Carl Zuckmayer, die Nobelpreisträger Werner Heisenberg, Adolf Butenandt und Otto Hahn, der Bankier Christoph von Tucher sowie viele weitere Freunde und Förderer an. 1985 wurde der Sitz der Stiftung von München nach Stuttgart verlegt und der Name in „Theodor-Heuss-Stiftung zur Förderung der politischen Bildung und Kultur e.V.“ geändert. Ab 1991 nahm die Theodor-Heuss-Stiftung e.V. ihre Aufgaben in ganz Deutschland und im europäischen Kontext wahr. Am 30. Januar 2009 wurde der Verein unter dem Vorsitz von Ludwig Theodor Heuss in eine gemeinnützige Stiftung bürgerlichen Rechts überführt, damit die von den Gründungsmitgliedern gestellte Aufgabe auch weiterhin nachhaltig und generationenübergreifend geleistet werden kann.

Der Theodor Heuss Preis und die ihm ebenbürtigen Theodor Heuss Medaillen werden seit 1965 in regelmäßigen Abständen für Beispiele und Vorbilder demokratischen Verhaltens und freiheitlicher Gestaltung des Zusammenlebens verliehen. Mit der alljährlichen Verleihung des Theodor Heuss Preises hat die Stiftung von Anfang an versucht, durch die Würdigung von bürgerschaftlicher Initiative und Zivilcourage auch wichtige politische und gesellschaftliche Entwicklungen frühzeitig ins öffentliche Bewusstsein zu tragen. Themen und Preisträger, die sie gewählt hat, sind so zu einer »demokratischen Zeitansage« geworden.